เมื่อใช้เครื่องเพาะกล้าไม้เป็นประจำทุกวัน สิ่งที่สำคัญที่สุดคือการรักษาอุปกรณ์ให้สะอาด หลังการใช้งานแต่ละครั้ง ให้กำจัดดินและเศษซากออกจากถาดเพาะกล้า ระบบสเปรย์ และชั้นวางภายในทันที เพื่อป้องกันการสะสมของสารตกค้างในระยะยาว- ซึ่งอาจทำให้เกิดการอุดตันหรือการเจริญเติบโตของแบคทีเรีย ควรให้ความสนใจเป็นพิเศษกับหัวฉีดสเปรย์และท่อน้ำ เนื่องจากตะกรันหรือสิ่งเจือปนอาจส่งผลต่อความสม่ำเสมอของน้ำที่ไหลออกมา ส่วนประกอบเหล่านี้จึงจำเป็นต้องถอดแยกชิ้นส่วนและล้างเป็นระยะๆ เพื่อให้มั่นใจถึงประสิทธิภาพการชลประทานแบบหมอกหรือแบบหยดที่สม่ำเสมอ
ตรวจสอบสถานะการทำงานของอุปกรณ์เป็นประจำ ตรวจสอบว่าระบบควบคุมอุณหภูมิ เครื่องควบคุมความชื้น และส่วนประกอบของไดรฟ์ทำงานอย่างถูกต้อง มอเตอร์ พัดลม และกลไกสายพานลำเลียงอาจหลวมหรือสึกหรอหลังจากใช้งานเป็นเวลานาน ดังนั้นควรขันสกรูให้แน่นและใช้สารหล่อลื่นทันทีเพื่อลดการสึกหรอทางกล นอกจากนี้ ควรรักษาแผงควบคุมและเซ็นเซอร์ให้แห้งเพื่อป้องกันความเสียหายจากความชื้นหรือการลัดวงจร ดังนั้นจึงรับประกันความถูกต้องของพารามิเตอร์ด้านสิ่งแวดล้อมสำหรับการปลูกต้นกล้า
เมื่อไม่ได้ใช้งานเครื่องเพาะกล้าไม้เป็นเวลานาน ให้ดำเนินการบำรุงรักษาการปิดเครื่องอย่างเหมาะสม ทำความสะอาดอุปกรณ์ให้แห้งอย่างทั่วถึง ทา-การป้องกันสนิมกับชิ้นส่วนโลหะ และ-หากจำเป็น-ถอดแหล่งจ่ายไฟออก และคลุมตัวเครื่องด้วยฝาครอบกันฝุ่น เก็บเครื่องไว้ในที่ที่อากาศถ่ายเทได้ดี-และแห้ง ห่างจากความร้อนและความชื้นสูง เพื่อยืดอายุการใช้งานและให้แน่ใจว่าเครื่องพร้อมใช้งานในอนาคต
